라이선스는 제품 종류에 따라 GPL과 자체적인 상용 라이선스 두 가지가 적용된다.
제품 종류는 무료와 유료로 나뉘는데, 무료 버전은 커뮤니티 에디션(Community Edition)이라는 이름이고, "영리 목적"으로 사용하려면 유료 버전을 써야 한다. 유료 버전의 가격은 2,000~10,000달러 사이이다. 무료 버전은 GPL이 적용되어 있어 소스 코드 수정 시 수정된 코드를 공개해야 하지만, 유료 버전은 자체 상용 라이선스이기 때문에 소스 공개의 위험이 없다. 대신 유료 버전은 고객 지원을 빵빵하게 해주지만 무료 버전은 안 해 준다.
하지만 무료 GPL 버전도 개인이 사용하는 데는 전혀 문제가 없고, 기업이 사용하는 일반적인 목적에도 사실상 문제가 없다. 여기서 말하는 "영리 목적"이란 MySQL 소프트웨어를 가져다가 대폭 수정해서 고객에게 납품하는, 즉 "배포하는" 경우에 수정한 내용의 소스를 공개하지 않는 목적을 말하는 것이지, 기업에서 일반적인 인터넷 서비스를 만들 때 사용하는 "영리" 목적을 가리키는 게 아니다. 인터넷 서비스 회사 같은 경우 보통 서비스에서는 소프트웨어를 수정했든 안 했든 소프트웨어는 서버에서 돌아갈 뿐이지 직접 배포되지 않기 때문에 GPL 버전을 사용해도 소스를 공개할 필요가 없기 때문이다. GPL은 소프트웨어를 배포할 때 소스를 같이 배포하는 게 조건이지 인터넷 서비스처럼 서버 입/출력만 외부에 공개되는 경우에는 소스를 배포하라는 제약이 없다. 하지만 종종 오라클이나 오라클의 리셀러들은 고객에게 이런 사실을 정확히 알리지 않은 채 "영리 목적"으로는 유료 버전을 써야 한다고 공포 마케팅을 벌리고는 하는데 사실과 다르다. 보통 그들도 GPL이 정확히 어디까지 허용하는지 모른다.